1999年
8月 上坂宅にて主日礼拝 開始
9月19日 「JOYチャペル伝道所」発足 (母教会: 横浜ニューライフバプテスト教会)
2000年
4月2日 礼拝場所を旧横浜西YMCA(南万騎が原駅横)の2階教室へ移動
10月2日 めぐみ館 (牧師室) 開設 (南万騎が原駅近くの木下ビル4階)
2002年
4月28日 神奈川バプテスト連合総会にて、「JOYチャペル伝道所」の連合への加盟承認
2003年
6月1日 めぐみ館移転 (南万騎が原駅近くの横田ビル2階)
2004年
9月26日 神の家族会 (総会) にて、教会組織を決議
11月14日 神の家族会にて、教会名を「横浜JOYバプテスト教会」に決定
12月26日 横浜ニューライフバプテスト教会 (母教会) にて、教会組織承認
2005年
11月16日 第51回日本バプテスト連盟定期総会にて、「横浜JOYバプテスト教会」の連盟への加盟承認
12月25日 礼拝場所を旧横浜西YMCAからめぐみ館に移転
2006年
1月7日 牧師館移転 (ぶどう館、こども自然公園（旭区）のそば)
3月26日 湘南ニューホープキリスト教会を当教会の伝道所へ
2009年
1月18日 臨時神の家族会 (会堂建築・土地購入を決議)
7月18日 会堂建築 起工式 (現在の会堂)
9月6日 湘南ニューホープ伝道所の母教会としての関係解消
2010年
1月31日 会堂入堂式
3月22日 献堂感謝礼拝 (献堂式)
2016年
12月 教会の墓地を購入(相模メモリアルパーク)
2017年
12月 教会敷地の隣地を購入
牧師
山中 臨在
牧師: 2024年4月～現在
石田 政美
牧師: 1999年8月～2015年3月
協力牧師: 2015年4月～2018年11月
派遣牧師: 2018年12月～現在
坂西 恵悟
牧師: 2018年4月～2024年3月
松崎 準
牧師: 2014年10月～2017年4月
伝道師
澤田 猛
伝道師: 2024年4月～現在
神山 武
伝道師: 2009年4月～2019年3月